Биологи под руководством известного генетика Джорджа Черча создали метод секвенирования РНК in situ, который позволяет составить карту экспрессии тысяч генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга или эмбриона. Описание метода опубликовано в Science, кратко о нем можно посмотреть в ролике Nature News.

Метод получил название FISSEQ (флюоресцентное секвенирование РНК in situ). Латинским выражением in situ биологи обозначают те методы, которые дают пространственную информацию, — данные которых привязаны к конкретной точке клетки или организма. В данном случае секвенирование FISSEQ позволяет определить последовательности молекул РНК, которые находятся в разных частях клетки. Секвенирование проходит с высоким, напоминающим оптическую микроскопию разрешением.

Процедура выглядит следующим образом. Сначала образец фиксируют и разрезают на тонкие слои. Затем из клеток удаляют мембраны, при этом РНК, ДНК и белки остаются фиксированы в матрице (этот метод «просветления» был изобретен недавно с целью получения прозрачного мозга). РНК с помощью обратной транскриптазы переводят в соответствующую ДНК-копию, которую затем многократно амплифицируют. В результате из одной молекулы РНК образуется кластер идентичных фиксированных молекул («наношарик»). В нем представлена не вся исходная РНК, а только ее фрагмент, но этого фрагмента достаточно для надежной идентификации всей молекулы. Затем используются уже известные методы пиросеквенирования: к образцу добавляют меченые основания, и во время синтеза новых копий ДНК в разных точках образца загораются разные сигналы.